As principais funções da Unidade são:

I. Elaborar as declarações de Imposto de Renda, de contribuições de tributos federais e de Imposto de Renda Retido na Fonte, referentes aos serviços prestados no hospital;

II. Escriturar os livros fiscais;

III. Providenciar os registros dos livros fiscais no órgão de registro do comércio e na Secretaria da Fazenda local;

IV. Requerer e controlar documentos de regularidade fiscal, tributária e previdenciária do hospital nas repartições públicas;

V. Manter arquivo atualizado referente às legislações fiscal, tributária e previdenciária e aos serviços contábeis;

VI. Receber, registrar, guardar e controlar a documentação dos recebimentos e pagamentos efetuados, dos documentos relativos aos serviços de contabilidade fiscal;

VII. Avaliar e certificar a legalidade da documentação e dos registros contábeis referentes aos serviços de contabilidade fiscal;

VIII. Receber, registrar, guardar e controlar a documentação e movimentação de numerários;

IX. Promover o controle das garantias contratuais;

X. Avaliar e certificar a legalidade da documentação e dos registros contábeis referentes aos serviços de contabilidade gerencial;

XI. Elaborar, assinar e divulgar as demonstrações contábeis mensais, semestrais e anuais  e os relatórios por tipo de atividade, fonte de recurso, centro de custo e unidade gestora;

XII. Registrar e controlar os bens patrimoniais da EBSERH; e

XIII. Habilitar senhas para o acesso de usuários ao Siafi, efetuar conformidade de operadores e manter atualizado o Rol de Responsáveis.