A estrutura do HU-UFS atualmente abriga 123 leitos, distribuídos pelas enfermarias de Clínica Médica, Clínica Cirúrgica, Pediatria, Psiquiatria, Unidade de Terapia Intensiva Adulta (cinco leitos) e Centro Cirúrgico, com quatro salas de cirurgias. 

O HU-UFS possui ainda laboratório de análises clínicas, Serviço de Nutrição e Dietética, Farmácia, Central de Processamento de Roupas Hospitalares (CPRH), Banco de Sangue, Unidade de Anatomia Patológica, Núcleo de Processamento de Dados, Centro de Ciências Biológicas e da Saúde, Administração e Unidade de Imagem e Métodos Gráficos e Diagnóstico. 

O complexo ambulatorial tem 68 consultórios, e é formado pelo Ambulatório Alexandre Mendes, pelo Centro de Pesquisas Biomédicas e pelo Centro de Reabilitação em Hanseníase, ofertando aos usuários do SUS várias especialidades médicas, além de enfermagem, nutrição, psicologia, serviço social, farmácia, odontologia, fonoaudiologia e fisioterapia. 

Enquanto hospital-escola, o HU-UFS conta com cursos de graduação, pós-graduação e residências médica e multiprofissional.

Estão em construção dois prédios, sendo um destinado à unidade materno-infantil e outro à unidade de oncologia e transplantes.