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Nos primeiros vinte anos de existência, o Hospital se tornou referência nacional em diversas especialidades e tem sua história marcada por eventos pioneiros no Estado, como a inauguração da primeira lavanderia e cozinha industrial, a realização da primeira hemodiálise feita no Norte-Nordeste e a inauguração da primeira Unidade de Terapia Intensiva (UTI) da Bahia.

Entre a década de 60 e 80 devido à falta de financiamento o Hospital passou por um processo de deterioração de sua estrutura tecnológica, física e funcional, diminuindo atendimentos e chegando a paralisar suas atividades. A partir dos anos 90, parcerias feitas com organizações públicas possibilitaram a retomada das atividades.

Em 2003, o HUPES fez parte do Projeto Piloto de Reestruturação dos Hospitais Universitários do Ministério da Saúde, e, após diagnóstico situacional, a comissão técnica propôs a reestruturação baseada nos seguintes princípios gerais: assistência centrada no paciente; ensino centrado no aluno; pesquisa integrada ao ensino e à assistência; serviços integrados; gestão profissionalizada. Em outubro de 2004, após iniciativas que visaram à adequação proposta, o HUPES foi certificado como Hospital de Ensino pelos Ministérios da Educação e da Saúde.

Como consequência inicial desse processo, em junho de 2006, o Conselho Universitário da Universidade Federal da Bahia (CONSUNI), aprovou a proposta da direção do Hospital para a criação do Complexo HUPES, por meio da unificação formal das três unidades – HUPES, CPPHO e AMN.

Em junho de 2007, visando atender às atuais necessidades do hospital e às novas exigências da contratualização, o Complexo HUPES, de forma pioneira e inovadora, consegue a aprovação, por unanimidade, do seu novo Regimento Interno e da nova estrutura organizacional (organograma circular) pelo CONSUNI. Em 2008, essas ações deram suporte à recertificação do Complexo HUPES como Hospital de Ensino, fato que se repetiu em 2012.

Também marcando o período de mudanças, em outubro de 2012, o Conselho Universitário da UFBA aprovou a adesão do Complexo HUPES à Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares – Ebserh, criada pela Medida Provisória nº 520 de 31 de dezembro de 2010 com a finalidade de administrar os Hospitais Universitários Federais por meio de um modelo jurídico e organizacional mais eficiente e moderno.

Com a adesão à Ebserh, o Complexo HUPES passa por uma transformação estrutural e organizacional, promovendo novas conquistas e superações, escrevendo novos capítulos na sua história.

A Ebserh

A Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh), estatal vinculada ao Ministério da Educação, administra atualmente 39 hospitais universitários federais. O objetivo é, em parceria com as universidades, aperfeiçoar os serviços de atendimento à população, por meio do Sistema Único de Saúde (SUS), e promover o ensino e a pesquisa nas unidades filiadas. O órgão, criado em dezembro de 2011, também é responsável pela gestão do Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (Rehuf), que contempla ações nas 50 unidades existentes no país, incluindo as não filiadas à Ebserh.