O desenvolvimento do AGHU teve inicio em 2009, como parte integrante do Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais - Rehuf -, do Ministério da Educação, destinado à reestruturação e revitalização dos hospitais das universidades federais. O objetivo do aplicativo é apoiar a padronização das práticas assistenciais e administrativas dos hospitais universitários federais e permitir a criação de indicadores nacionais, o que facilitará a adoção de projetos de melhorias comuns para esses hospitais.

Para desenvolver o AGHU, a Ebserh utiliza como base o Hospital de Clínicas de Porto Alegre - HCPA, levando em conta o sucesso de seu modelo de gestão e a disponibilidade do AGH, sistema de Aplicativos para Gestão Hospitalar, desenvolvido pela instituição. Os primeiros módulos do AGHU foram implantados em agosto de 2010, na Maternidade Vitor Ferreira do Amaral, de Curitiba, Paraná. Pouco a pouco, novos módulos estão sendo implantados e mais instituições ingressam no grupo de hospitais que dispõem do AGHU.

Em abril de 2015 o número de Hospitais Universitários usuários do AGHU atingiu a marca de 30.

site: http://www.ebserh.gov.br/web/aghu